Keberadaan Madrasah Aliyah Negeri 9 Jombang berasal dari dua unsur sekolah yaitu PGAN 6 tahun Kauman Utara Jombang dan Madrasah Aliyah Darul Ulum Kepuhdoko Tembelang Jombang di bawah kepemimpinan Bpk. H. Abu Dalhar, Bpk. H. Syaiful BA. Dan Bpk. H. Zainul Arifin.

Pada Tahun 1982 PGAN 6 tahun Kauman Utara di relokasi dan di pindah ke Kepuhdoko, maka jadilah PGAN 6 tahun Kauman Utara dan Madrasah Aliyah Darul Ulum Kepuhdoko menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kauman Utara filial Madrasah Aliyah Negeri Rejoso Jombang di bawah kepemimpinan Bpk. Moh Ali.

Dan selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Mentri Agama No. 107 tanggal 17 Maret 1997, Madrasah Aliyah Negeri Kauman Utara filial Madrasah Aliyah Negeri Rejoso Jombang diubah menjadi

"Madrasah Aliyah Negeri Kauman Utara Jombang"

Kemudian berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 773 tanggal 14 Nopember 1997 nama Madrasah Aliyah Negeri Kauman Utara Jombang diubah menjadi

"Madrasah Aliayah Negeri 6 Jombang"

Kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor : 673 tahun 2016 tentang perubahan nama Madrasah Aliyah Negeri , Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur, maka nama Madrasah Aliyah Negeri 6 Jombang di ubah menjadi

"Madasah Aliyah Negeri 9 Jombang"

Lokasi Madrasah Aliyah Negeri 9 Jombang berada di lingkungan Pondok Pesantren Darul Ulum Kepuhdoko Tembelang Jombang di bawah naungan Bpk. KH. Moh.Hasan ( Periode Pertama ), Bpk. KH. Moh. Syaubari ( Periode Kedua ) dan di lanjutkan oleh KH. Mustain Hasan, SH, M. Hum. ( Periode Ketiga ).

Sejak menjadi Madrasah Aliyah Negeri ( MAN ) 6 Jombang, lembaga pendidikan ini telah mengalami 7 masa kepemimpinan, yaitu :

1. Drs. H. Sukardi, MA ( Periode 1997 – 2004 )
2. H. Sunardi, SH, S.Ag, M.PdI ( Periode 2004 – 2007 )
3. H. Moh. Adnan, M.PdI ( Periode 2007 – 2009 )
4. Drs. Ahmad Mudzakkir, M.MPd ( Periode 2009 – 2015 )
5. H. Soedjari, M.Pd ( Periode 2015 – 2016 )
6. H. Ahsan Sutari, M.MPd ( Periode 2016 – 2017 )
7. Drs. H. Mukhlis, M.PdI ( Periode 2017 - sampai sekarang )